Урезать логи файловой бд, где то в администрировании это делается, точно не помню где, то там как то периоды надо закрыть старые и тогда за место 500 мелких файлов, будет 50-100 файликов.
Не использовать файловую бд
Посмотрите в сторону SQL базы, в принципе процесс конвертирования не сложный, например вот так (
https://www.nulled.cc/threads/51029/), но все зависит от того, что там накрутили погромисты, если оно все самописное.
Не помню как точно называется, но есть в винде ограничение на количество одновременно открытых файлов по сети, помоему это в свойствах шары указывается.
Как то так на вскидку.