Подскажите пожалуйста какие обновления стоит ставить
Стоит ставить, как минимум критические обновления и обновления безопасности. Остальное на ваше усмотрение.
После установки обновлений не полетит ли система ?
Может, но такое бывает крайне редко. По хорошему, обновления сначала надо тестировать на кошках и лишь потом, убедившись, что все ОК, устанавливать в продакшине.
В любом случае, вероятность того, что ваше система "полетит", если вы не установите обновления, гораздо выше, нежели она полетит от того, что вы их установите.
Стоит ли вообще устанавливать обновления ?
См. ответ на первый вопрос.