есть дефолтовая групповая политика домена, там на уровне пользователя некоторые вещи настроены (создание папки на целевой рабочей станции, копирование файлов и прочее)

Изначально неправильно сделано. Дефолтовую политику не надо трогать, нужно отдельную создавать и не на весь домен (ну, только если понимаешь, зачем ты это делаешь), а на контейнер вешать.
Но тогда нужно следить за списком таких рабочих станций, каждый раз добавлять/удалять из списка.
В смысле, списко зачем? Если политику вешаете на контейнер, политику применяется ко всем объектам контейнера. Просто помещаете нужный комп в контейнер.
Напрашивается оставить все в дефолтовой политике, но в отдельный OU загнать именно те ноуты, на которых НЕ нужно применять политику.
Тоже можно. Можно Security Filtering в политике использовать для исключений, но тут опять же нужно компы в какую-то группу добавлять.
Смотрел в сторону Group Policy Loopback Processing (на уровне компьютера как раз) - там есть варианты Replace и Merge. Как мне все это скомпоновать, чтобы параметры пользователя сравнивались с той или иной рабочей станцией и не применялись, если такая станция есть в OU?
Обычно Merge использовается, для того, чтобы применить параметры пользователя на всех пользователей компьютера, подпадающего под политику. Вернее даже не на политику, а Group Policy Loopback Processing действует на все политики контейнера, насколько я помню, даже если там всего одна политика с Group Policy Loopback Processing.