Платя тебе как сотруднику, контора платит налоги с ФОТ. Платя тебе как ИП - не платит ничего. Налоги платишь ты, причем по другим ставкам и вполне вероятно с другой облагаемой базой.
При этом к вам - и к тебе и к конторе - ФНС может отнестись с интересом: а нет ли в этом налоговой оптимизации? А дальше уже смотря что инспектору в голову ударит.
Да, вести бухучет и сдавать налоговую отчетность придется тоже тебе.