может быть связано с "Усиленной конфигурацией безопасности" IE (если не путаю название).
Если на компе, на котором выполняется редактирование политики, настроена эта "усиленная безопасность" то полученный объект групповой политики будет действовать на компы, где включен тот же режим безопасности IE и наоборот (если политика редактируется там, где не включена "усиленная безопасность" то такая политика будет действовать на компы, где она так же не включена).