Давайте исходить из объективной реальности: если из изменений имеем новый HDD, то именно он должен попасть под подозрение в первую очередь. Попробуй погонять MHDD, Victoria или утилиты от производителя hdd (таковые есть у каждого производителя, только выбирай тщательный тест, а не быстрый).