У меня такое бывало когда я пытался добавить добавить ESX5.5 в vCenter 5.1.
А насчет vCenter, по-моему, проще новый установить и постепенно перетаскивать ESXы из старого в новый. Хотя, это личная методика.
(Опят-таки личная точка зрения) К тому же, при установки нового vCenter с базой MS SQL, риски забыть об установке Stored Procedures (те самые, которые регулярно чистят устаревшие данные) минимальны.