Прокси можно прописать прямо в систему, и тогда все программы будут ходить через него
Хз, от приложения зависит, умеет ли оно из IE настройки брать, если нет попробовать "netsh winhttp set proxy...". Тоже не факт, насколько оно там кривое. Ну и может другим прогам надо напрямую работать, рабочим каким-нибудь, а ты их всех через прокси хочешь завернуть.