DedMagarbI4, ну во первых логи. У тебя логи усекаются? При фулл бекапе базы это происходит автоматом. Ну или Circular Logging можно включить на базе, но это не рекомендуется, можно на некоторое время, пока логи усекутся, потом выключить.
Второй момент, сама база (файл *.edb) не умеет уменьшаться, даже если место освободишь. Выход - оффлайн дефрагментация с помощью eseutil. Ес-сно в это время никто не может работать.
Еще один путь, создать новую базу и переместить туда все ящики. Она места займет ровно столько, сколько в них почты есть. Старую удалить потом. Но потребуется временно где-то найти еще место. Это, наверно, самый популярный путь.